Die barocke Orgel in der Klosterkirche Beyenburg ist nicht nur besonders schön anzusehen, sie ist auch die älteste Orgel in der Region weit um Wuppertal herum. 1693 wurde die Orgel von einem unbekannten Orgelbauer erbaut. Aus den späteren Jahren ist bekannt, dass der Wuppertaler Orgelbauer Adolf Ibach 1795 umfangreiche Arbeiten an dem wertvollen Instrument vornahm und dass gut 100 Jahre später die Aachener Firma Stahlhut den größten Teil des „Innenlebens“ der heutigen Orgel baute. Ein weiterer namhafter Orgelbauer, Romanus Seifert aus Kevelaer, fertigte 1970 das heutige Orgelwerk. Aus der vorherigen Orgel konnte er 55 Prozent der Pfeifen übernehmen. Ein neues Pedalwerk setzte Seifert so hinter das Hauptwerk, dass der barocke Prospekt nicht verdeckt wird. Die Orgel ist ein bedeutendes Instrument für das Wuppertaler Konzertleben und ein unverzichtbarer Bestandteil der Gottesdienste in der Gemeinde. Vor allem zeichnet sie sich durch einen warmen Klang sowie eine klare Präsenz und Brillanz aus.