Nachdem der Schah abgedankt hatte, gab es eine Volksbefragung, ob der im Exil in Frankreich lebende Ayatollah Khomeini zurückkehren und die Regierungsgeschäfte übernehmen sollte. Viele Juden stimmten für diese Lösung, denn schließlich war Frankreich nach dem Krieg wieder ein demokratischer Staat und man konnte sich nicht vorstellen, dass Khomeini und sein Kabinett die Methoden des Schahs noch perfektionieren würde. Es wurde schließlich eine „Islamische Republik Iran“, obwohl nur etwa die Hälfte der Bevölkerung dem schiitischen Islam angehört. Allerdings behielten die auch vorher anerkannten Minderheiten ihre Rechte und jeweils einen Vertreter in dem neuen Parlament. Der Beginn des neuen Regimes war recht chaotisch. Die Juden erlitten den ersten Schock, als der jüdische Philanthrop und Gemeindevorsitzende Habib Elghanian 1979 unter falschen Anschuldigungen hingerichtet wurde. Viele ältere unter uns erinnern sich gewiss noch der dramatischen 400 Tage der Belagerung der US-Botschaft. Auch wurden 13 Juden aus Shiraz verhaftet und der Spionage für Israel angeklagt. Diese Ereignisse veranlassten circa 80 000 Juden, das Land zu verlassen. Die meisten wanderten in die USA aus, ein kleinerer Teil von ihnen ging nach Israel. Die einst so betriebsame Botschaft Israels in Teheran wurde geschlossen. Dort zog eine Vertretung der Palästinenser ein, die bis heute dort ihren Sitz hat. Für Khomeini war „Judentum“ eine staatlich geschützte Religion, „Zionismus“ dagegen eine feindliche, nationalistische Ideologie und der Staat Israel ein Stachel im Fleisch der arabischen Welt.