1987 holte Hans-Dietrich Genscher sie als Staatsministerin ins Auswärtige Amt. 1991 übernahm sie das Bauministerium, legte nach ihrer Scheidung den Doppelnamen Adam-Schwaetzer ab und heiratete den Fernsehjournalisten Udo Philipp (Scheidung 2002).

Querelen um die Genscher-Nachfolge erschütterten Schwaetzer 1992 heftig. Von der Parteispitze schon als neue Außenministerin nominiert, versagte ihr die Fraktion die Gefolgschaft und votierte für Klaus Kinkel. Sie machte dafür ihren Partei-„Freund“ Jürgen Möllemann verantwortlich und nannte ihn „intrigantes Schwein“.

Als ihr 1994 mitgeteilt wurde, das Bauressort stehe für sie und die FDP nicht mehr zur Verfügung, kandidierte Schwaetzer für ein Amt als Bundestagsvizepräsidentin — und scheiterte. Enttäuscht kündigte sie damals an, sich beruflich umzuorientieren. Seit dieser Woche ist sie neue Präses der Synode der Evangelischen Kirche in Deutschland.