Seit 2003 leitet der heute 68-Jährige ein Priesterseminar der Bruderschaft Pius X. nahe der argentinischen Hauptstadt Buenos Aires. Williamson hatte im Januar im schwedischen Fernsehen gesagt, er denke, dass "200000 bis 300000 Juden in den Konzentrationslagern gestorben" seien, aber "nicht ein einziger von ihnen in Gaskammern". Weil das Fernsehinterview in einem Priesterseminar bei Regensburg aufgenommen wurde, ermittelt die Regensburger Staatsanwaltschaft. Den Papst bringt die Angelegenheit in Bedrängnis, weil die Äußerungen wenige Tage vor der von ihm verfügten Rehabilitierung Williamsons und dreier weiterer Vertreter der Pius-Bruderschaft ausgestrahlt wurden.

Die von dem Kirchenrebellen Bischof Marcel Lefebvre (1905-1991) gegründete erzkonservative Priesterbruderschaft Pius X. wendet sich gegen eine Modernisierung der katholischen Kirche. Zur Bruderschaft zählen weltweit rund 500 Priester und 600 000 Anhänger. Nach der von Rom untersagten Weihe von Bischöfen im Jahr 1988 waren die Bischöfe exkommuniziert worden.