Denn häufig bilden die Erreger dieser Erkrankungen widerstandsfähige Dauersporen aus. Diese können sich beim Ausbringen des Kompostes weiterverbreiten. Auch samentragende Unkräuter und Wurzelunkräuter, wie Quecke und Giersch, gehören demnach nicht auf den Kompost.
Bei den meisten Pflanzenabfällen ist die Kompostierung hingegen unbedenklich. So entstehen etwa keine Probleme bei Pflanzen, die von Mehltau, Blattfleckenkrankheiten oder von Blattläusen befallen sind.