Der gebürtige Bochumer war seinem Verein über sechs Jahrzehnte verbunden. „Der VfL verliert eine außergewöhnliche Persönlichkeit und trauert um einen echten Bochumer Jungen mit blau-weißem Herz“, teilte der Club mit.

Altegoer spielte als Jugendlicher für die Blau-Weißen, war später Vorsitzender des Wirtschaftsrates, danach Präsident und schließlich Aufsichtsratsvorsitzender. Ernst-Otto Stüber, Altegoers Nachfolger als Chef des Aufsichtsrats, brachte es schon 2005 beim 70. Geburtstag des VfL-Patriarchen auf den Punkt, als er sagte: „Nicht nur für mich steht es außerhalb jeder Frage, dass Bochum ohne den Einsatz Werner Altegoers heute keinen professionellen Fußballverein hätte - egal, ob in der ersten oder zweiten Liga.“

Von 1980 bis 1982 und von 1990 bis 1993 war Altegoer Vorsitzender des VfL-Wirtschaftsrats. 1993, nach dem ersten Abstieg des VfL in die 2. Bundesliga, wurde er zum Präsidenten gewählt. In dieser Funktion arbeitete er bis 2002, als der Verein zeitgemäße professionelle Strukturen und unter anderem einen hauptamtlichen Vorstand bekam.

Danach war Altegoer bis 2010 Vorsitzender des Aufsichtsrats. Nach einer verweigerten Entlastung für das Kontrollgremium durch die Mitglieder trat er auf der Jahreshauptversammlung zurück, blieb aber bis zur Wahl seines Nachfolgers Stüber kommissarisch im Amt und wurde 2011 zum Ehrenvorsitzenden des Aufsichtsrats ernannt. Während Altegoers Präsidentschaft qualifizierte sich der VfL zweimal für den UEFA-Pokal. „Er sicherte dem VfL ein dauerhaftes Dasein im Profifußball“, würdigte der Verein den Gestorbenen.