Beim Verein mit dem früheren deutschen Nationalspieler Robert Huth ist der 49-Jährige Nachfolger von Tony Pulis. Der Zeitung „The Stoke Sentinel“ zufolge unterzeichnete der ehemalige walisische Nationalspieler einen Kontrakt über drei Jahre. Stoke City hatte in der vergangenen Saison den 13. Platz belegt. Hughes war seit seiner Entlassung im November 2012 bei den Queens Park Rangers ohne Job.
Nach Blackburn, Manchester City, Fulham und den Rangers ist Stoke City die fünfte Trainerstation des ehemaligen Torjägers, der in der Saison 1987/88 mit Bayern deutscher Vizemeister geworden war.