Schon als junger Mann trat Badia, der aus der Provinzstadt Al-Mahalla Al-Kubra stammt, der Muslimbruderschaft bei. Wegen seiner politischen Aktivitäten wurde Badia 1965 zu 15 Jahren Haft verurteilt, von denen er neun Jahre absitzen musste. Im Gefängnis lernte er den Luftwaffenpiloten Mohammed Ali al-Schenawi kennen, der damals zu den führenden Köpfen der Bewegung gehörte. Als dessen Tochter Samia eines Tages tiefverschleiert ins Gefängnis kam, um ihren Vater zu besuchen, hielt der junge Islamist um ihre Hand an. Ammar, ein Sohn des Paares, wurde am 16. August 2013 im Alter von 38 Jahren bei Protesten der Muslimbruderschaft gegen die Übergangsregierung getötet.

Mohammed Badia ist Tierarzt. Er gehört dem Obersten Führungskomitee der Bruderschaft seit 1993 an. Unter Präsident Husni Mubarak landete er noch zweimal im Gefängnis, einmal für 75 Tage und einmal für drei Jahre. Er gilt in der Bewegung als Hardliner und ist für seine anti-amerikanische Haltung bekannt. Während der Regierungszeit von Präsident Mohammed Mursi, der als Vertreter der Bruderschaft für das höchste Amt kandidiert hatte, sahen viele Ägypter in Badia und den anderen Mitgliedern des Führungskomitees der Bruderschaft die eigentlichen Herrscher.