Marianne Birthler gilt als streitbare Frau, die sich gegen Kritiker zu verteidigen weiß. Doch angesichts anhaltender Spekulationen über die Zukunft ihrer Behörde und aktueller Vorwürfe, sie ließe die Stasi-Aktivitäten im Westen nicht ausreichend erforschen, ist die 61-Jährige dünnhäutiger geworden. Marianne Birthler sieht sich im Fall Karl-Heinz Kurras zu Unrecht attackiert. Kritiker werfen ihr vor, sie hätte die Stasi-Tätigkeit des West-Berliner Polizeibeamten, der 1967 den Studenten Benno Ohnesorg erschoss, viel früher und systematischer aufdecken müssen.

Birthler hatte schon Mitte der 80er Jahre als Mitarbeiterin der evangelischen Kirche in Ost-Berlin Kontakte zur DDR-Opposition. 1988 stieß sie zur "Initiative Frieden und Menschenrechte", einer der zur Wendezeit aktivsten Gruppen der DDR-Bürgerrechtsbewegung. Im vereinten Deutschland engagierte sich die gebürtige Berlinerin bei den Grünen. 1993 und 1994 war sie Vorstandssprecherin der Partei. Das Amt der Bundesbeauftragten übernahm die Mutter dreier erwachsener Kinder im Jahr 2000 von Joachim Gauck.