Hatoyama stammt aus einer Familie, in der schon seit Generationen Politik gemacht wird. Mit den berühmten Kennedys in den USA wird der Clan oft verglichen: Nicht nur, dass Hatoyamas Großvater japanischer Regierungschef war - sein Vater war bereits Außenminister, sein Bruder Innenminister. Die Familie ist zudem sehr reich: Während der eine Großvater Hatoyamas in den 50er Jahren Ministerpräsident war, gründete der andere den Reifenkonzern Bridgestone.

Hatoyama absolvierte zunächst ein Ingenieurstudium in Tokio. Anschließend promovierte er an der renommierten US-Universität Stanford und lehrte dann Wirtschaftswissenschaften in Tokio, bevor er gemäß der Familientradition in die Politik ging. Er ist mit einer früheren Schauspielerin verheiratet und hat einen Sohn.