Den Aufstand der Ostdeutschen gegen das kommunistische DDR-Regime am 17. Juni 1953 habe man in Pullach sogar für eine „Inszenierung Moskaus“ gehalten, sagte Müller dem Nachrichtenmagazin „Der Spiegel“. Laut Müller waren die Einblicke des Geheimdienstes in die DDR „oft armselig“, die Militäraufklärung habe „nur zeitweise“ funktioniert, und vom Balkan und von anderen Teilen Südosteuropas habe der BND „auch keine Ahnung“ gehabt. Weder in der DDR noch in irgendeinem anderen Ostblockland habe der BND über eine Spitzenquelle verfügt.
Müller stützte sich bei seinen Recherchen auf BND-interne Unterlagen. Die Kommission hat besonderen Zugang zum BND-Archiv. Der BND ist der einzige Auslandsnachrichtendienst in Deutschland. Bis Ende 2018 ziehen große Teile der BND von Pullach bei München nach Berlin.