Vor dem Saubermachen sollte man prüfen, ob der Nistkasten wirklich leer ist. Alte Nester werden entfernt, anschließend kann man den Kasten mit kochendem Wasser oder einer Kochsalzlösung ausbürsten, rät der Deutsche Jagdverband. Danach den Kasten gut trocknen lassen, damit er nicht schimmelt.
Vogelkästen sind auch für andere Tierarten ein gern genutztes Winterquartier: So lassen sich auch Fleder- und Haselmäuse oder Siebenschläfer darin nieder.
Sollte der Nistkasten noch nicht leer sein, gilt: Hände weg. In diesem Fall ist es besser, das Saubermachen aufs Frühjahr zu verschieben.