Der frühere Bayern-Profi ist beim Fußball-Bundesligisten aus Oberbayern seit November 2011 im Amt. Unter seiner Führung stieg Ingolstadt im Sommer 2015 in die höchste deutsche Spielklasse auf, bevor ein Jahr später der Klassenverbleib gelang. Nach dem Abgang von Trainer Ralph Hasenhüttl besetzte Linke die Stelle mit Markus Kauczinski, der ebenfalls einen Kontrakt bis 2018 besitzt.

„Wir sind sehr glücklich, dass wir uns mit Thomas zu einem frühen Zeitpunkt einigen konnten und jetzt Planungssicherheit auf dieser wichtigen Position haben“, sagte Harald Gärtner, Geschäftsführer Sport und Kommunikation. Linke ist überzeugt, „dass unsere Entwicklung noch lange nicht beendet ist“. Das Ziel sei es, den FC Ingolstadt „Schritt für Schritt in der Bundesliga zu etablieren“.