Der 49 Jahre alte Niederländer habe Sportdirektor Christian Nerlinger über seinen Abschied informiert, teilten die Bayern mit. Jonker war im Sommer 2009 als Co-Trainer van Gaals in die Landeshauptstadt gekommen und hatte das Bayern-Bundesligateam nach der Trennung von van Gaal in der vergangenen Saison auch kurz interimsweise betreut.

In den fünf letzten Saisonspielen 2010/2011 gelangen unter Jonker vier Siege, damit schafften die Bayern auch die wichtige direkte Champions-League-Qualifikation. Im Anschluss hatte Jonker die U 23 in der Regionalliga Süd übernommen. „Ich hatte eine wunderbare Zeit hier in diesem Klub mit tollen Erfahrungen und Erfolgen, nun suche ich für mich persönlich aber eine neue sportliche Herausforderung“, erklärte Jonker.