Der Sportverein ist 1985 entstanden, als der „Turnverein Flingern 1985“ gegründet wurde. In den darauffolgenden Jahren gründeten sich zudem der „Düsseldorfer Fußballklub Spielverein“ und der „Fußballclub Alemania 1911“. Im Jahr 1919 schlossen sie sich zum „Düsseldorfer Turn- und Sportverein Fortuna 1985“ zusammen.
Heute zählt Fortuna Düsseldorf 25.130 Vereinsmitglieder (Stand Januar 2019) und gilt somit als einer der 20 größten deutschen Sportvereine und der fünftgrößte in Nordrhein-Westfalen. Neben dem Fußball gehören zu Fortuna Düsseldorf die Abteilungen Handball, Laufsport und Triathlon
Im Jahr 1933 wurde Fortuna Düsseldorf deutscher Meister. Als erster westdeutscher Verein haben sie den Titel gewonnen. 1979 wurde Fortuna Düsseldorf erstmalig deutscher Pokalsieger. 1980 folgte ein weiterer Pokalsieg.
Zu Beginn der 2000er musste Fortuna einen tiefen Absturz verkraften. Sie stiegen bis in die Oberliga ab. 2008 kamen sie in die damals neu eingeführte dritte Bundesliga. Ein Jahr darauf schafften sie den Aufstieg in die 2. Bundesliga.
2012 gelang ihnen zum fünften Mal der Aufstieg in die 1. Bundesliga. Der Erfolg hielt nur kurz an, in der darauffolgenden Saison stiegen sie wieder in die 2. Bundesliga ab.
Mit dem aktuellen Trainer Friedhelm Funkel konnten sie 2018 wieder in die erste Bundesliga zurückkehren.