Gates hatte bei den Verhandlungen mit IBM hartnäckig darauf bestanden, die Software auch anderen Computer-Herstellern verkaufen zu können - und begründete damit die Software-Industrie. Parallel zu DOS und Basic entwickelte Microsoft Anwenderprogramme, die später beispielsweise im Büro-Pragrammpaket Office vermarktet wurden. In den 80er Jahren entdeckte Gates die grafische Bedienungsoberfläche und ließ - sehr zum Ärger des damaligen Partners Apple - Windows programmieren. Apple hatte zu diesem Zeitpunkt mit Lisa und Macintosh bereits zwei Rechner auf dem Markt, die mit der Maus bedient wurden.

Windows 1.0 kam im November 1985 in die Läden. Es dauerte dann aber bis zur Version 3.1 (1992), bis Microsoft erste Klagen von Apple abgewehrt hatte und das System im Markt an Bedeutung gewann. Den Durchbruch für das eigene Betriebssystem erzielten Gates und seine Mitstreiter dann 1995 mit Windows 95. Weitere Meilensteine in der Entwicklung sind Windows XP (2001) und Windows 7 (2009).

Im Gegensatz zu Wettbewerbern wie Apple hat Microsoft seine PC-Software stets an Hardware-Hersteller lizenziert und auf die Produktion eigener Personal Computer verzichtet. Dies hat auch wesentlich zur rasanten Verbreitung von Windows beigetragen. Der Marktanteil des Microsoft-Systems liegt bei über 90 Prozent. Auch die ersten Schritte im Tablet-Markt unternahm Microsoft zusammen mit Hardware-Partnern.

Eine Kombination von Hard- und Software hat Microsoft bislang in drei Fällen auf den Markt gebracht: Im November 2001 trat der Konzern mit seiner Spielekonsole Xbox gegen Wettbewerber wie Sony, Nintendo und Sega an und führt mit dem Nachfolgemodell Xbox 360 inzwischen in diesem Segment. Weniger Erfolg war dem Microsoft-Musikplayer Zune beschieden, der im November 2006 gegen den iPod von Apple positioniert wurde. Im Oktober 2011 stellte Microsoft die Produktion des Zune ein. Bereits nach 44 Tagen zog Microsoft im Sommer 2011 beim Smartphone Kin die Reißleine, weil sich das Projekt als kompletter Misserfolg erwies.