Messenger sind auf dem besten Wege, die SMS abzulösen und graben auch E-Mails das Wasser ab. Doch ob die von ihnen genutzten Anwendungen auch sicher sind, können Nutzer meist nicht ohne weiteres beurteilen. Deshalb hat die Bürgerrechtsorganisation Electronic Frontier Foundation (EFF) eine Checkliste für die gängigsten Messengern onlinegestellt. Auf der sogenannten Secure Messaging Scorecard wird dargestellt, ob sieben wichtige Sicherheitseigenschaften von der jeweiligen Anwendung erfüllt werden oder nicht.
Zu den geprüften Eigenschaften gehören Transportverschlüsselung, vom Anbieter nicht lesbare eigentliche Verschlüsselung des Inhalts, Verifizierung der Identität der Kontakte, Sicherheit von Inhalten beim Diebstahl von Schlüsseln, Offenheit des Programmcodes, nachvollziehbare Dokumentation der Sicherheitsarchitektur der Anwendung und unabhängige Prüfung des Programmcodes.