Ratiopharm Ulm und der FC Bayern München spielen in der Runde der letzten 16 gegeneinander, wie die Ansetzung nach dem Ende der ersten Gruppenphase ergab. Gleich am 4. Januar kommt es in der Vierergruppe, in die auch Titelfavorit Chimki Moskau und BC Lietkabelis aus Litauen eingeteilt wurden, zum Aufeinandertreffen in Ulm. Nur die beiden besten Teams erreichen das Viertelfinale.

Dort winkt für den Vize-Meister aus Ulm und den Titelaspiranten aus München ein Aufeinandertreffen mit ALBA Berlin als drittem verbliebenem Club aus der Bundesliga. Die Hauptstädter treffen in der Top-16-Phase (4. Januar bis 8. Februar) auf Valencia Basket, Cedevita Zagreb und Unicaja Malaga.