In der aktuellen Gruppenphase der Europa League gab es zwei Remis gegen Atlético Madrid. Im Achtelfinale trifft Bayer am Donnerstag auf den FC Villarreal.
Im UEFA-Pokal war in der Saison 2006/2007 im Viertelfinale zuletzt der CA Osasuna nach einem 0:1 im Hinspiel und einem 0:3 in heimischer Arena Endstation. Den größten Triumph in der Bayer-Geschichte verhinderte am 15. Mai 2002 Real Madrid. Die „Königlichen“ besiegten die Leverkusener mit 2:1 im Champions-League-Finale.
Beim Gewinn des UEFA-Pokals 1988 setzte sich Bayer 04 gegen RCD Espanyol durch: Das Hinspiel hatte Espanyol 3:0 gewonnen. Als es nach Verlängerung im Rückspiel 3:0 für Leverkusen stand, entschied das Elfmeterschießen (3:2) für das deutschen Team.