Benfica Lissabon, das in der Zwischenrunde den VfB Stuttgart ausgeschaltet hatte, trifft im Viertelfinale auf den zweiten verbliebenen niederländischen Vertreter PSV Eindhoven. Das ergab die Auslosung in der Zentrale der Europäischen Fußball-Union (UEFA) in Nyon. In den weiteren Partien des „kleinen“ Europapokals stehen sich der FC Porto und Spartak Moskau sowie der SC Braga und Dynamo Kiew gegenüber. Die Partien finden am 7. und 14. April statt.

Erstmals in der Geschichte der Europa League sowie des Vorgänger-Wettbewerbs UEFA-Cup sind im Viertelfinale keine Mannschaften aus Deutschland, England und Italien vertreten. Im Halbfinale am 28. April und 5. Mai könnte es hingegen zu einem rein portugiesischen Duell kommen. Im Semifinale stehen sich die Sieger der Partien Braga - Kiew und Benfica Lissabon - Eindhoven sowie Porto - Moskau und Villareal - Enschede gegenüber. Das Finale findet am 18. Mai in Dublin statt.