Allerdings ist auch diese Gruppe in einem Prozess des Wandels. Ihre Rhetorik stimmt oft nicht mit ihrem Handeln überein. So haben die Muslimbrüder zwar immer wieder ihre vehemente Gegnerschaft zu „jedem Abkommen mit der habgierigen Einheit Israel“ verkündet. Nachdem sie aber etwas parlamentarischen Einfluss gewannen, erklärten sie, dass sie an die Außenpolitik nicht Hand anlegen wollten. „Wir erkennen Israel nicht an, aber werden nicht gegen es kämpfen. Wir werden alle Verträge respektieren“, sagte Mohammed Mahdi Akef, seinerzeit der höchste Anführer der Bruderschaft, im Jahr 2005.

Obwohl in Ägypten offiziell verboten, hatte die Gruppe bei den Parlamentswahlen 2005 unabhängige Kandidaten antreten lassen und mit ihnen rund 20 Prozent der Stimmen geholt. Es gibt Anzeichen für interne Positionsdebatten, und die Richtung, die die Gruppe einschlagen wird, ist unklar. Sie hat eine starke Anhängerschaft zum Teil deshalb, weil sie landesweit konservative, religiöse und soziale Programme betreibt.

Die Gruppe hat ihr Gewicht für den liberalen Friedensnobelpreisträger Mohammed El Baradei in die Waagschale geworfen und unterstützt ihn als führenden Unterhändler der Opposition. Und El Baradei, weit davon entfernt eine religiöse Gesetzgebung zu unterstützen, hat angedeutet, dass er wegen des politischen Engagements der Bruderschaft nicht weiter besorgt ist.