Zu den wichtigsten Organisationen, die Israel bekämpfen, gehören:

- PALÄSTINENSISCHER ISLAMISCHER DSCHIHAD (PIJ): Der in den 1970er Jahren gegründete Dschihad („Heiliger Krieg“) will Israel vernichten und einen islamischen Staat errichten. Die Terrororganisation wird von der syrischen Hauptstadt Damaskus aus geführt und nach westlichen Erkenntnissen vom Iran finanziert. Der PIJ soll weniger als 1000 Mitglieder haben.

- VOLKSWIDERSTANDSKOMITEES (PRC): Die Komitees wurden als Gegenpol zur Fatah gegründet, nachdem diese auf einen Verhandlungskurs mit Israel eingeschwenkt war. Ihr Gründer Dschamal Abu Samhadana wurde 2006 von den Israelis getötet. Ihr bewaffneter Arm sind die Saladin-Brigaden. Den PRC wird eine Vielzahl von Bombenanschlägen seit 2000 angelastet. Im Juni 2006 verschleppten die PRC zusammen mit anderen Fraktionen den israelischen Soldaten Gilad Schalit in den Gazastreifen. Erst im Oktober 2011 wurde er freigelassen.

- SALAFISTISCHE DSCHIHADISTEN: Die Dschund Ansar Allah - Armee der Anhänger Gottes - ist eine bewaffnete Gruppe strenggläubiger Salafisten, die das islamische Recht einführen will. Sie hatte großen Zulauf bekommen, nachdem sich die Hamas im Juni 2007 im Gazastreifen gegen die gemäßigte Fatah-Organisation von Palästinenserpräsident Mahmud Abbas durchgesetzt hatte. Als ihr Imam im Jahr 2009 in der Grenzstadt Rafah ein „islamisches Emirat“ ausrief, ging die Hamas aber hart gegen die Gruppe vor.

- AL-AKSA-BRIGADEN: Der militärische Arm der Fatah wurde Anfang 2000 gegründet. Wichtigste Ziele sind die Befreiung der besetzten Gebiete und ein unabhängiger Palästinenserstaat. Al Aksa besteht aus einer unbekannten Zahl kleiner Terrorzellen. Die Brigaden haben sich zu zahlreichen Selbstmordanschlägen auf israelische Zivilisten und Militärs bekannt, sind aber im Gazastreifen nicht mehr sehr aktiv.