Mueller kann laut Anweisung des Vize-Justizministers Rod Rosenstein auch „etwaige Angelegenheiten, die durch diese Ermittlungen direkt entstanden sind oder entstehen könnten“ untersuchen. Dazu kann etwa eine Rechtsbehinderung gehören. Trump soll laut Medienberichten den entlassenen FBI-Chef James Comey gebeten haben, Ermittlungen gegen den früheren Nationalen Sicherheitsberater Michael Flynn wegen dessen Russland-Kontakten einzustellen. Trump bestreitet das.

Der US-Justizminister kann einen vom Ministerium unabhängigen Sonderermittler für eine besonders sensible strafrechtliche Untersuchung einsetzen, wenn im Justizministerium ein Interessenskonflikt vorliegt oder die Ermittlungen im öffentlichen Interesse stehen.

Letztere Begründung gab der stellvertretende Justizminister Rosenstein an. Er war es, der Mueller ernannte, weil Justizminister Jeff Sessions sich wegen Befangenheit durch frühere Kontakte zum russischen Botschafter in den USA, Sergej Kisljak, aus den Russland-Ermittlungen heraushält. Rosenstein kann von Mueller Berichte über den Stand der Ermittlungen anfordern.

Muellers Amtszeit ist nicht begrenzt. Rosenstein kann zwar wichtige Untersuchungen blockieren, aber muss dann den Kongress informieren. Er kann Mueller auch entlassen, mögliche Gründe wären beispielsweise Fehlverhalten, Dienstpflichtverletzung, Interessenskonflikte oder einfach nur gute andere Gründe.

Trump kann Mueller nicht direkt feuern, wohl aber Rosenstein anweisen, das zu tun. So geschah es auch im Jahr 1973, als der damalige US-Präsident Richard Nixon die Entlassung des Sonderermittlers zur Watergate-Affäre anordnete. Daraufhin traten allerdings Justizminister Elliot Richardson und sein Stellvertreter William Ruckelshaus aus Protest zurück. Nixon musste ein Jahr später als bisher einziger US-Präsident zurücktreten.