Die Varianten A und AE werden außerdem mit einer neuen Anti-Hopping-Kupplung ausgerüstet, die verhindern soll, dass das Hinterrad beim Herunterschalten blockiert. Alle Modelle erhalten 2016 neue Scheinwerfer und Rückleuchten in LED-Technik und ein neu gestaltetes Cockpit.

Erstmals kommen bei Yamaha mit der überarbeiteten FJR1300-Reihe auch Scheinwerfer mit adaptivem Kurvenlicht zum Einsatz, die abhängig von der Schräglage die Straße ausleuchten. Unangetastet bleibt der Vierzylinder-Motor, der nach wie vor 108 kW/146 PS und 138 Nm aus 1298 Kubikzentimetern Hubraum schöpft. Erhältlich sind die überarbeiteten Modelle ab Februar 2016, Preise nannte Yamaha noch nicht.