Die Brandursache war noch nicht bekannt. Als mögliche Ursachen wurden Brandstiftung durch einen Insassen oder ein Kurzschluss genannt.
Das Gefängnis von Comayagua zählt 850 Insassen. Strafanstalten in Lateinamerika sind häufig überbelegt. Vor allem in den bitterarmen mittelamerikanischen Staaten wie Honduras gibt es in den Gefängnissen Probleme mit Gewalt zwischen verfeindeten Banden und Drogenhandel.