Demnach wurde Zarnajew in Massachusetts nach Bundesrecht angeklagt. Das heißt, ihm könnte die Todesstrafe drohen, obwohl Massachusetts als Staat sie nicht erlaubt. Allerdings gehen Rechtsexperten eher davon aus, dass es gar nicht zu einem Prozess kommt, sondern Ankläger und Verteidiger sich vorab auf lebenslange Haft einigen - im Gegenzug für eine komplette Aussage des Angeklagten über die Hintergründe der Tat.

Zarnajew wird beschuldigt, zusammen mit seinem älteren Bruder Tamerlan am 15. Juli an der Marathon-Ziellinie zwei Sprengsätze gelegt zu haben.Laut der Anklage koordinierten beide die Detonationen per Handy. Tamerlan zündete die erste Bombe, ein Mensch starb. Dschochar detonierte den zweiten Sprengsatz und tötete zwei weitere Menschen. Außerdem gab es über 260 Verletzte.

Dschochar Zarnajew wurde nach tagelanger Fahndung gefasst. Zuvor sollen die Brüder auf ihrer Flucht einen Polizisten erschossen haben. Nach der Anklageschrift wurden sie schließlich von Beamten gestellt und attackierten diese mit vier selbstgebastelten Sprengsätzen. Tamerlan selbst wurde dann von Polizisten erschossen, Dschochar konnte zunächst noch entkommen. Nach Meinung von Rechtsexperten betont die ausführliche Anklageschrift, dass Dschochar in dem Duo keine untergeordnete Rolle spielte oder gar unter dem Druck von Tamerlan handelte. Tatsächlich wird in den Gerichtsunterlagen detailliert aufgeführt, wie groß die aktive Rolle des jüngeren Zarnajew in dem Komplott gewesen sei.

Zu den Anklagepunkten gehören auch Verschwörung, vielfache Körperverletzung, die Nutzung von Feuerwaffen, Carjacking und Sachbeschädigung. Die offizielle Anklageverlesung ist für den 10. Juni geplant.