Laut der Landesvereinigung der Bayerischen Milchwirtschaft kommen die Käsesorten am besten zu gleichen Teilen in den Fonduetopf. Für eine besondere Geschmacksnote kann etwas Camembert sorgen, der jedoch insgesamt nicht mehr als ein Fünftel der Käsemasse ausmachen sollte.
Ein Fondue lässt sich auch aufpeppen, indem Hobbyköche den Topf vorher mit Knoblauch ausreiben. Zum Würzen der Käsemasse eignen sich Muskatnuss, süßes Paprikapulver, Pfeffer oder Chili.
