Der Gesundheitsfonds, das Herzstück der Reform, wird erst zum 1. Januar 2009 und damit etwa ein halbes Jahr später als ursprünglich geplant eingeführt. In ihn sollen Beiträge von Arbeitgebern und Arbeitnehmern fließen. Der Beitragssatz wird einheitlich festgelegt, die gesetzlichen Kassen erhalten dann zunächst für jeden Versicherten den gleichen Betrag aus dem Fonds. Zur beitragsfreien Mitversicherung der Kinder fließen ab 2008 außerdem Steuermittel an die Kassen.

Gesetzliche Kassen, die mit den Zuweisungen aus dem Fonds nicht auskommen, können von ihren Versicherten einen Zusatzbeitrag erheben. Die SPD konnte sich bei der heftig umstrittenen Ein-Prozent-Klausel weitgehend durchsetzen: Die Zusatzprämie bleibt grundsätzlich auf ein Prozent des beitragspflichtigen Einkommens begrenzt. Allerdings dürfen die Kassen einen Zusatzbeitrag von bis zu acht Euro erheben, ohne dass das Einkommen überprüft werden muss. Das kann bei sehr niedrigen Einkommen, zum Beispiel bei Arbeitslosengeld-II-Empfängern, dazu führen, dass der Zusatzbeitrag mehr als ein Prozent des beitragspflichtigen Einkommens ausmacht.

Versicherte bei Kassen mit vielen älteren oder kranken Mitgliedern müssen sich zudem auf die Zusatzbeiträge einstellen. Die teilweise Steuerfinanzierung könnte zu Steuererhöhungen führen. Zusätzliche Belastungen werden sich langfristig sowieso nicht vermeiden lassen, da durch die älter werdende Gesellschaft auch die Ausgaben der Kassen steigen.