Zudem gibt es unter anderem Bestände in Brandenburg und Schleswig-Holstein. Der Bund für Umwelt und Naturschutz (BUND) gibt die Zahl der Brutpaare bundesweit mit rund 600 an.

Vor 100 Jahren waren die Seeadler in Deutschland fast ausgerottet. Nach Angaben des Landesamtes gab es allein in Mecklenburg-Vorpommern weniger als ein Zehntel des heutigen Bestandes: 23 Brutplätze waren 1913 auf dem Gebiet des heutigen Bundeslandes bekannt. Seit den 1920er Jahren wurden dort Verordnungen zum Schutz von „Raubvögeln“ erlassen. Bis in die 1950er Jahre erholte sich der Bestand etwas.

Einen Rückschlag erlitt der Adlerschutz durch den Einsatz von Pflanzenschutzmitteln mit dem Wirkstoff DDT in der Land- und Forstwirtschaft. Nur noch 15 bis 20 Prozent der Brutpaare zogen Junge groß. Nach dem DDT-Verbot stieg die Zahl der Jungvögel wieder. Anfang der 1980er Jahre wurden in Mecklenburg-Vorpommern etwa 80 Brutpaare gezählt, 2011 waren es 291. In diesem Frühjahr seien bereits mehrere neue Horste entdeckt worden.

Allerdings beunruhigen Todfunde die Naturschutzbehörden. Seit 1998 untersuchen sie mit dem Leibniz-Institut für Zoo- und Wildtierforschung Berlin die Todesursachen. Meist seien sie durch Menschen verursacht, nur wenige Seeadler kämen durch Revierkämpfe, Erkrankungen oder Missbildungen um.

Am häufigsten gebe es Bleivergiftungen durch Reste von Jagdmunition. Die Vögel nähmen Splitter von Bleimunition auf, wenn sie Wild fressen, das an den Folgen von Schussverletzungen gestorben ist. Mecklenburg-Vorpommerns Agrar- und Umweltminister Till Backhaus (SPD) setzt sich deshalb für das Verbot bleihaltiger Jagdmunition ein. Zweithäufigste Todesursache sind Zusammenstöße mit Eisenbahnen.