Um Flöhe zu entfernen, eignen sich heißes Seifenwasser und eine Bürste, rät das Deutsche Grüne Kreuz (DGK) in Marburg. Zudem sollen Handschuhe getragen und die Kästen nicht mit ins Haus genommen werden. Das alte Nistmaterial ist nach der Säuberung statt auf dem Kompost am besten in der Restmülltonne aufgehoben.
Nach dem Reinigen sollten die Nisthilfen schnell wieder aufgehängt werden. Sobald es kalt wird, dienen die Kästen vielen Tieren als Unterschlupf, etwa Ohrwürmern, Fledermäusen, Meisen und Zaunkönigen.