Den „Check-in 3“ oder “Check-in 301 bis 399“ genannten Bereich werden Austrian Airlines und Gesellschaften der Star Alliance mit Ausnahme von Turkish Airlines und Brussels nutzen. Er soll Reisenden vor allem kurze Distanzen bieten. Außerdem ist eine neue Ankunftshalle entstanden. Dort kommen alle Fluggäste an und erhalten dort auch ihr Gepäck.
Nach Inbetriebnahme des neuen Terminals beginnt die Sanierung der Terminals 1 und 2. Ab Juni werde zunächst Terminal 1 modernisiert. Nach Abschluss der Arbeiten Ende 2012 sollen dorthin dann Air Berlin und Niki übersiedeln. Danach sind Arbeiten an Terminal 2 geplant. Eine Übersicht der Check-in-Schalter gibt der Flughafen online.