Prinz war zuvor 15 Jahre am Klinikum rechts der Isar der Technischen Universität München tätig, die letzten fünf Jahre als Leiter der Endoskopie-Abteilung. Schwerpunkt seiner Arbeit am Helios-Klinikum ist die Tumordiagnostik in Magen, Darm und Bauchspeicheldrüse. Zum Thema bakterielle Ursachen für Magen-Krebs veröffentlichte er eine vielbeachtete Forschungsarbeit. Neben seiner klinischen Arbeit wird Prinz auch in der Lehre tätig sein. Am Helios-Klinikum, das auch Universitätsklinikum der privaten Hochschule Witten ist, ist er Inhaber des Lehrstuhls für Innere Medizin.

Christian Prinz ist verheiratet und Vater einer 13-jährigen Tochter und eines dreijährigen Sohns. Seine Familie lebt zurzeit noch in München, der Umzug nach Wuppertal ist aber im Sommer geplant.