„Die Art und Weise, wie vom Autor benutzte Literatur und Quellen dokumentiert sind, ist nicht darauf angelegt, die eigentliche intellektuelle Autorschaft an Erkenntnissen, Ideen, Argumenten oder Thesen zu verschleiern.“

Nach Angaben der Universität fand der Ombudsmann für solche Fälle, Professor Christoph Meinel, keine Hinweise, dass die 1987 vorgelegte Dissertation gegen die Grundsätze guter wissenschaftlicher Praxis verstößt. Auch an den wenigen Stellen, wo Wortfolgen übernommen worden seien, ohne sie durch Anführungszeichen zu markieren, werde die Herkunft durch Anmerkungsziffern und Seitennachweis belegt.

Mit den Vorwürfen war Anfang April der Nürnberger Plagiatsjäger Martin Heidingsfelder an die Öffentlichkeit getreten: Müller habe in seiner Doktorarbeit „Die Junge Union Bayern und ihr Beitrag zur politischen Jugend- und Erwachsenenbildung“ Texte aus Arbeiten des Politologen und späteren CDU-Politikers Wolfgang Hackel übernommen, ohne diese mit Anführungszeichen als Zitat zu kennzeichnen. Müller habe erst mehrere Seiten nach Zitatbeginn die Quelle erwähnt.

Der Vorwurf, die Doktorarbeit teilweise abgeschrieben zu haben, hat in der Vergangenheit zu Rücktritten mehrerer Politiker geführt: etwa des Verteidigungsministers Karl-Theodor zu Guttenberg (CSU), der Vizepräsidentin des Europaparlaments, Silvana Koch-Mehrin (FDP), und der Bundesbildungsministerin Annette Schavan (CDU). Sie alle haben ihren Doktortitel verloren. Schavan war erst kürzlich vor Gericht mit einer Klage gegen die Aberkennung gescheitert.