Auf der linken Seite kommt ein blauer Winkel mit einem gelben Stern hinzu. Vorbild war die Nationalflagge Kenias. Die Flagge war ursprünglich das Symbol der Sudanesischen Volksbefreiungsarmee (SPLA) und wurde 2005 als Flagge der autonomen Region Südsudan übernommen.
Die Farben wurden wegen ihrer Symbolik ausgewählt. Schwarz symbolisiert die schwarzafrikanische Bevölkerung des Südsudan. Weiß steht für den Frieden, die Farbe Rot für das Blut, das während des Sudan-Konflikts geflossen ist. Grün steht für das landwirtschaftliche Potenzial Südsudans, während die Farbe Blau den Nil darstellt, der als Lebensader der gesamten Region gilt. Der gelbe Stern symbolisiert die Einheit der zehn sudanesischen Bundesstaaten, aus denen der neue Staat hervorgegangen ist.