Die Keime können auf der Schale sitzen und Durchfallerkrankungen auslösen, wie das Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR) in Berlin erläutert. Zum Schutz davor sollten auch die Gerätschaften zum Anbohren der Eier wie Nägel oder Rouladennadeln sauber sein und nach Gebrauch gründlich gereinigt werden. Das BfR empfiehlt außerdem, die Eier möglichst nicht mit dem Mund zu berühren, sondern sie mit Hilfe eines dünnen Strohhalms oder einer Einwegspritze mit dicker Kanüle auszupusten.

Vor dem Bemalen werden die geleerten Eier am besten von innen und außen nochmals mit lauwarmen Wasser und etwas Spülmittel gereinigt werden. Auch die Arbeitsfläche und die Hände sollten anschließend gründlich gesäubert werden.