Die Behörde habe damit gezeigt, dass sie „die Richtlinienkompetenz“ der politischen Aufsicht für unbedeutend halte, sagte John der Deutschen Presse-Agentur in München. Das Bundesamt wird, wie alle Geheimdienste, vom Kanzleramt koordiniert. Wenige Tage vor der Schredder-Aktion im November 2011 hatte Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) volle Aufklärung der NSU-Verbrechen versprochen.
Den NSU-Prozess, in dem die mutmaßliche Rechtsterroristin Beate Zschäpe gemeinsam mit vier mutmaßlichen Terrorhelfern angeklagt ist, nannte John einen „Mammutprozess“, der zu den „Mammutverbrechen“ des „Nationalsozialistischen Untergrunds“ passe. Mit der Aufklärung habe der Staat viel Aufwand getrieben, was die Familien und Hinterbliebenen auch wahrgenommen hätten.
Wegen Mittäterschaft an den fast durchweg rassistisch motivierten Morden und Anschlägen ihrer beiden Freunde hat die Bundesanwaltschaft im NSU-Prozess lebenslange Haft und Sicherungsverwahrung für Zschäpe beantragt. Die Verteidigung fordert dagegen Freispruch für die Terror-Anklagepunkte und höchstens zehn Jahre Gefängnis für Raubüberfälle und Brandstiftung. Das Oberlandesgericht München will das Urteil am Mittwoch verkünden.